انجمن حجتيه ايجاد حکومت اسلامي را تنها با حضور مهدي، امام دوازدهم شيعيان، ميسر مي‌دانست و همچنين نظريه ولايت مطلقه فقيه را مردود مي‌دانست و بيان مي‌کرد که ولايت مطلقه فقط به امام معصوم تعلق دارد به همين علت بين اعضاء انجمن و افرادي که به ولايت مطلقه معتقد بودند اختلاف‌هاي زيادي وجود داشت. البته انجمن به ولايت فقيه اعتقاد داشت و از مراجع تقليد تبعيت مي‌کرد و تنها بحثش، در حدود اختيارات فقيه بود و نه اصل آن.
با بالا گرفتن اختلاف ميان انجمن حجتيه و پاره‌اي از سران نظام جمهوري اسلامي، ارگانها و نهادها، آيت الله روح‌الله خميني که اساس حکومتش توسط انجمن به زير سوال رفته بود به بهانه اين که حمايت حکومت شاه ايران از بهائيان، آنها رشد کرده‌اند؛و با رفتن شاه، بهائيت نيز از بين خواهد رفت، در يک سخنراني در سال ???? خواهان انحلال انجمن حجتيه شد.
.
انجمن حجتيه در کنار کارهاي تبليغاتي خود بر ضد بهاييت، به نقد عقايد آنها هم مي‌پرداخت. اين نقدها به گونه‌هاي مختلف و با در اختيار گذاشتن آنها در اختيار ديگران انتشار مي‌يافته. محمد باقر نجفي در کتاب بهاييان خود از شيخ محمود حلبي بابت در اختيار گذاشتن اسناد ضد بهاييت تشکر کرده‌است. .
پس از مرگ روح الله خميني در سال ???? و بازتر شدن فضاي فرهنگي ايران، بار ديگر فعاليت‌هاي اين گروه آغاز شد. سال‌هاي ابتدايي دهه ?? به تربيت نيروهاي جديد اين گروه گذشت و در اواخر دهه? ?? شمسي، با اشاره مراجع تقليد و با توجه به فعاليت گروه‌هاي مختلف ضد شيعي (نظير وهابيت و شکل گيري دوباره تشکيلات بهاييت در ايران) و تبليغ اعتقادات اين فرقه‌ها عليه تشيع، فعاليت خود را گسترش داد
